La Somalie était connue dans l'Antiquité sous le nom de Pontin. Entre le VIIe et le Xe siècle après J.C., les Arabes et les Perses ont établi des comptoirs commerciaux le long du golfe d'Aden.

Les explorations menées par les Européens commencèrent au XIXe siècle et en 1884, les Anglais établirent un protectorat au nord du pays. Les Italiens contrôlèrent le sud à partir de 1889.

Durant la Seconde Guerre Mondiale, l'Italie envahissait la Somalie britannique en 1940. A la fin de la guerre, en 1950, la Somalie italienne devenait un territoire contrôlé par les Nations Unies, mais administré par les Italiens. Le 1er juillet 1960, les territoires britanniques et italiens étaient unifiés pour former un pays indépendant: la Somalie.

Jusqu'en 1991, la République Démocratique de Somalie fut dirigée par les militaires. La région d'Ogaden, dans la partie centrale et occidentale du pays, fut cédée à l'Ethiopie par les Britanniques en 1948. Cette décision fut source de conflits incessants entre la Somalie et l'Ethiopie jusqu'à la signature d'un traité de paix entre les deux pays en avril 1988.

En effet, en 1977, la Somalie envahit l'Ogaden, entra en guerre avec l'Éthiopie et rompit ses relations avec l'URSS qui soutenait le régime marxiste d'Addis-Abeba. Elle se tourna vers les États-Unis. Au début des années quatre-vingt, les autorités somaliennes durent faire face à deux mouvements d'opposition armée, tous deux soutenus par l'Éthiopie, le clan des Issas, à la tête du Mouvement national de Somalie (MNS), et les Majerteen, représentés par le Front démocratique pour le salut de la Somalie (FDSS). La répression du gouvernement fut inefficace et Siyad Barré quitta le pouvoir en 1991.

En janvier 1991, 21 années de dictature militaire prirent fin avec la fuite du Général Muhammad Siyad Barrah et une guerre civile débuta. Il en résulta une situation anarchique sans gouvernement ni services publiques. Des bandits armés empêchèrent les équipes d'aide humanitaire internationale d'intervenir et de distribuer de la nourriture.

En 1992-93, seule la présence des troupes envoyées par les Nations Unies permirent de soulager la famine et de contrôler la violence.

Les combats entre bandes ennemies reprirent, et la Somalie sombra dans l'anarchie, les Issas, représentés par le MNS, instaurèrent dans le Nord la république indépendante du Somaliland. En octobre, la scission du Congrès de la Somalie unifiée (CSU) donna naissance à deux factions rivales, le mouvement du général Mohammed Farah Aidid et l'Alliance nationale somalienne (ANS) d'Ali Mahdi, qui entrèrent en guerre dans le sud du pays en commençant par la capitale, Mogadiscio.

Devant l'intensification des combats, les États-Unis, sous l'égide des Nations unies, lancèrent Restore Hope («Rendre l'espoir»), une intervention militaire pour protéger les organisations humanitaires qui tentaient de porter secours à la population gagnée par la famine. Mais en février 1995, les Casques bleus, auxquels s'attaquèrent violemment les clans rivaux, évacuèrent le pays,sans avoir réussi à régler la situation politique.

L'opération coûta la vie à plusieurs Casques bleus et membres des organisations humanitaires. Un accord de paix entre les deux factions en guerre fut signé en mars 1994, puis un autre dans le sud en juin. Cependant, les combats continuent en Somalie et les alliances entre les clans changent. L'espoir d'un gouvernement national durable s'efface. Après les négociations qui se sont déroulées en Éthiopie en janvier 1997, les leaders des différentes factions ont eu le projet de former le premier gouvernement de ce genre depuis six ans, mais les grandes figures, notamment Hussein Mohammed Aidid, fils et successeur de Mohammed Farah Aidid, assassiné, s'y opposent.