En 1279, les Mérinides, qui se considéraient comme les héritiers des Almohades, construisirent Fez el-Djedid, la Nouvelle Fès ( فـاس en arabe) au-dessus de l'ancienne cité.
La nouvelle ville comportait le palais royal, la casbah (ou citadelle), et la mellâh (mot à mot, “saloir”), le quartier juif où ces derniers bénéficiaient de la protection royale. Les Mérinides préservèrent la vieille ville, ou médina, mais ils l'agrandirent en y bâtissant de nombreux medreses (collèges religieux). Pourtant, au milieu du XVe siècle, la dynastie Mérinide tomba elle aussi, lorsque le peuple de Fès fit exécuter le dernier sultan. Aucun sultan marocain n'avait jamais pu conserver son trône sans le soutien des chefs religieux et de la noblesse de Fès, au cœur de la vie religieuse et culturelle marocaine… et de toutes les intrigues.
La dynastie qui suivit fut celle des chérifs (les “nobles”) dont le roi Hassan est un descendant direct. Les chérifs font remonter leurs origines au prophète Mahomet par le biais de son petit-fils Hassan. En 1549, les chérifs saadiens s'emparèrent de Fès, mirent les Portugais et les Turcs en déroute, et anéantirent le royaume africain de Gao, situé dans le Mali actuel. Le plus illustre de leurs souverains, Ahmad al-Mansur, “le Doré”, acquit une telle influence qu'il n'hésita pas à revendiquer la plus haute fonction islamique, celle de calife. Il partageait son temps entre une gigantesque tente-palais ambulante et son palais royal à Marrakech, et gouvernait la nation tout entière par l'intermédiaire du grand vizir ou ministre. Une autre branche de chérifs, les Alaouites, prit le pouvoir en 1659, sous la conduite du Moulay al-Rashid et du Moulay Ismaïl (Moulay signifiant approximativement “Sa Seigneurie”.) Quand le Maroc accéda finalement à l'indépendance en 1956, les chérifs Alaouites occupaient toujours le trône, et c'est encore le cas aujourd'hui.
Doyenne des villes impériales, Fès fut fondée en 789 après JC par Idriss Ier, un descendant du prophète. Son fils, le sultan Idriss II, décide en 809 d'y établir le siège de la dynastie.
Dès 818, le sultan accueille dans sa cité 8 000 familles de musulmans andalous. Sept ans plus tard, cette nouvelle population est renforcée par l'arrivée de population de confession juive et de Kairouanais (Tunisie). Riche de ces multiples patrimoines religieux, culturels et architecturaux, Fès devient rapidement le centre religieux et culturel du Maroc.
Dès lors, malgré les guerres dynastiques et les périodes où elle ne fut pas la capitale officielle du pays, la cité impériale n'a jamais cessé de s'agrandir et d'embellir. De nos jours, Fès est sans doute la ville la plus authentique d'Afrique du Nord. Le rayonnement intellectuel de son université coranique, sa célèbre mosquée Karaouiyne, ses trésors de l'art arabo-andalou, notamment la musique arabo-andalouse, sa médina médiévale de Fès el-Bali et ses artisans de grand talent en font la gardienne des traditions de l'islam.
Idriss Ier, persécuté par les Abbassides de Bagdad, se réfugie chez les Berbères du Maroc central. En 789, il fonde sa capitale sur la rive droite de l'Oued Fès. Elle sera la première ville islamique du pays. Son jeune fils, Idriss II, accueille plusieurs centaines d'Arabes venus du Maghreb central et d'Espagne. Le quartier des Andalous (El Adoua) est fondé par les musulmans réfugiés d'Espagne en 818. Près de mille quatre cents familles andalouses arrivées de Cordoue s'y installent. Sept ans plus tard, expulsées de Kairouan (actuelle Tunisie), trois cents familles d'artisans et de commerçants riches, instruits, habitués à la vie urbaine, s'établissent à l'ouest de la rivière dans le quartier dit des Kairouanais
Le Saharien Youssef Ben Tachfine assiège Fès en 1063 et pénètre dans la cité en 1069.
L'écrivain Abou Obeid el-Bekri la décrivait ainsi : “Fès se compose de deux villes, l'une à côté de l'autre et entourée chacune d'une muraille. Elles sont séparées par une rivière très rapide qui fait tourner les moulins et que l'on traverse au moyen de ponts.” Les deux cités comptent une nombreuse population avec une forte minorité juive. Le vainqueur almoravide s'empresse d'abattre les murailles, d'établir une enceinte unique et de bâtir, à l'écart, une forteresse. Fondateur de Marrakech, le nouveau souverain ne choisit pas Fès comme capitale. La ville connaît cependant un essor artistique et intellectuel marqué par l'édification en 1096 du collège des patients almoravides, pourvu d'une bibliothèque, et par la réouverture de la route de l'or saharienne.
En 985, le calife Omayyade signa sa victoire en dotant le minbar de ce nouveau dossier.
Au milieu du XIIe siècle, le sultan almohade Abd el-Moumem s'empare de la ville, fréquentée par les voyageurs de tous les pays. Ses habitants commercent avec l'Espagne, le Maghreb central, le Sahara, l'Orient et même quelques pays chrétiens. Les réfugiés andalous, accueillis à Fès, introduisent des techniques nouvelles de tissage de la soie de travail du cuir et des métaux. A la fin du XIIe siècle, Fès compte cent vingt mille maisons et, au début du XIIIe siècle, trois mille cinq cents fabriques. La ville prospère.
Dans la première moitié du XIIIe siècle, la faiblesse des Almohades profite à la dynastie mérinide. Fès redevient la capitale de l'empire en 1250, pour deux siècles. Les souverains mérinides s'affirment comme de grands bâtisseurs. Ils font de Fès une cité prestigieuse. Elle connaîtra son âge d'or au début du XIVe siècle. Les Mérinides oscillent entre deux politiques : l'extension de leur pouvoir en Afrique du Nord et la reprise du traditionnel axe sud-nord orienté vers l'Espagne. Fès, plaque tournante de ces opérations, se dote d'une nouvelle ville administrative. Fès el-Jedid. A l'intérieur de l'enceinte, s'élèvent palais, mosquées, forteresses et casernes. Les médersas font l'objet de soins particuliers. Ces espaces de prière servent de centres de formation aux cadres politiques destinés à assurer l'islamisation du Maghreb impérial, l'unité de l'Afrique du nord à partir de l’ouest. Dès le début du XVe siècle, le commerce international est florissant.
Les marchands partent pour la Chine, l'Inde, l'Afrique orientale, la Perse. Les Fassi vendent des céréales et du cuir au Portugal, importent des tissus et des produits industriels anglais, exportent cuirs et tapis en Europe. En 1437, la découverte de la tombe d'Idriss anime un culte populaire pour le patron de la ville. Le quartier juif est alors créé près du palais de la famille Jamaï.
Dans la seconde moitié du XVe siècle, Fès est atteinte par les troubles qui règnent dans le royaume la fin de la dynastie mérinide. Elle est marquée par l'apparition de la nouvelle dynastie Beni Wattas en 1471, par l'arrivée des musulmans et des juifs chassés d'Espagne en 1492 et, indirectement, par l'arrivée des Portugais dans les ports atlantiques.
Les succès des chorfa saadiens dans le Sud permettent aux vainqueurs de s'installer à Marrakech en 1524 et de s'emparer de Fès en 1549. La ville perd son rang de capitale en faveur de Marrakech. Au début du XVIIe siècle, Fès connait des épidémies de peste, la famine, la misère et les guerres civiles dépeuplent la cité.
En 1666, Moulay Rachid rétablit l'ordre, relance le commerce et choisit à nouveau Fès comme capitale. Après une longue période d'agitation dans la première moitié du XVIIIe siècle, la ville retrouvera son calme et son prestige au XVIIIe siècle, grâce à l'alliance de l'armée et des dirigeants de la vieille université de la Qaraouiyne, siège d'une véritable force politique. Concurrencée par l'activité économique naissante de Casablanca, Fès maintient son rayonnement religieux, intellectuel et commercial.
En 1911, Moulay Hafid, confronté à une insurrection, fait appel aux troupes françaises. Quelques mois plus tard, le 30 mars 1912, il signe la Convention de Fès, traité établissant le protectorat français sur le Maroc. C'est alors que se développe la ville moderne, dite européenne, suivant un plan d'urbanisme très régulier. Cette nouvelle ville coexiste avec l'ancienne et Fès, cité millénaire, sait préserver sa personnalité profonde tout en s'ouvrant au modernisme. Fès cède le statut de capitale à Rabat, en juin 2012, après de violente émeutes dans la ville.